run を1件ずつではなく、複数まとめて一括削除するにはどうすればよいですか？

複数の run を1回の操作で削除するには、Public APIを使用します。

import wandb

api = wandb.Api()
runs = api.runs('<entity>/<project>')
for run in runs:
    if <condition>:
        run.delete()

⌘I